A animação conta as aventuras de um peixe agente secreto que, com a ajuda de sua roupa especial, vive entre o mundo molhado, e o mundo seco, revelando mistérios e buscando soluções para proteger o meio ambiente. Peixonauta conta com a ajuda da amiga Marina e do macaco Zico para solucionar mistérios e cumprir suas missões. Juntos, eles recebem dicas de como solucionar as missões dançando no ritmo da POP.