Jimmy e Billy se reencontram após serem separados no nascimento. Billy decide abrir uma escola de artes matrimoniais para ensinar as crianças locais. Billy é atacado pelo chefe das sombras, que é seu irmão.

Jimmy captura seu irmão Billy e o leva ao Mestre das Sombras. O Shadow Master ordena que Jimmy prenda seu irmão e antes que Jimmy possa fazer isso, o Shadow Master se volta contra ele. Jimmy liberta seu irmão e os dois se transformam e escapam do Shadow Master. Jimmy agora é um dos mocinhos.

Billy e Jimmy conhecem um poderoso mestre do chi chamado Su Lien e seu aluno de lutador de sumô chamado Tsunami. Su Lien é então enganado para ajudar o Mestre das Sombras a reformar seus maus caminhos. Quando o Shadow Master engancha Su Lien em uma máquina de realidade virtual para que ele possa drenar sua mente e roubar seus poderes, Tsunami e os irmãos Lee se unem para resgatá-la.

O Shadow Master elaborou um plano para introduzir uma nova droga em Metro City, chamada Oblivion. Os dragões duplos, junto com o Coronel McReady, explodem os tanques de drogas e frustram o plano do Mestre das Sombras.

O Shadow Master começa a operar um ringue de luta ilegal em uma área isolada de Metro City. Sickle então força um artista marcial sem-teto chamado Vortex a lutar no torneio, mantendo um grupo de crianças sem-teto como reféns. Billy e Jimmy devem resgatar as crianças e ajudar Vortex antes que o Mestre das Sombras possa se livrar deles.

Billy perde a memória quando é lançado em um campo ultramagnético, e o Shadow Master diz a Billy que ele é seu filho. Billy então se torna o novo Shadow Boss, e Jimmy e Marian devem trabalhar juntos para trazer o verdadeiro Billy de volta antes que ele perca sua memória para sempre.

Um mecânico de um braço só e ex-policial chamado Mike Pollard é enganado para fazer novos veículos de ataque para o Shadow Master. Quando Mike percebe o que fez, ele constrói um carro de ataque para os Double Dragons e os ajuda a parar o Shadow Master.

Jimmy é acusado de uma série de crimes por um comissário de polícia corrupto e enviado para a prisão de Radica. Billy e Marian devem libertar Jimmy antes que o Mestre das Sombras possa se livrar dele usando um mutante mortal chamado Hannibal.

O Shadow Master usa hologramas para enquadrar os Double Dragons por vários crimes, e o departamento de polícia de Metro City despacha um oficial robótico chamado CLU para prender os Dragons. Os dragões devem provar sua inocência ao salvar Metro City de um CLU com defeito.

Metro City aprova uma lei que proíbe armas de mão, e o Shadow Master tira vantagem da situação vendendo ilegalmente blasters portáteis. Quando a irmã de um Dragão Júnior é ferida em um tiroteio envolvendo as armas vendidas ilegalmente, os Dragões trabalham para fechar a fábrica de armas do Mestre das Sombras.

Kami, o mestre do Komodo Dojo, recruta um Dragão Júnior chamado Michael e o usa para atacar o Shadow Dojo e se vingar do Shadow Master. No entanto, quando Michael é capturado, Kami deve deixar de lado seu desejo de vingança, juntando-se aos Dragões para libertar Michael.

O Shadow Master derruba Billy e Jimmy em uma seção oculta do Shadow Dojo chamada Abyss e aprisiona os Dragon Warriors em seu Shadow Mural. Dentro do Abismo, Billy e Jimmy encontram sua mãe, Marika, que está presa lá desde que os irmãos eram bebês.

O Mestre das Sombras descobre um poderoso artefato do Dragão chamado Olho do Dragão, que concede ao seu detentor o poder de visão. Jimmy consegue o artefato e isso lhe dá poderes incríveis. No entanto, também começa a possuí-lo. Jimmy é forçado a escolher entre o artefato e seu irmão.