Quatro estudantes, Yumi, Ulrich, Odd e Jeremy descobrem a existência de um misterioso universo paralelo, uma palavra virtual chamada Lyoko. Tanto a Terra quanto Lyoko estão sendo ameaçadas de destruição por um super vírus, X.A.N.A, que infectou o SuperComputador que controla tudo. Agora os estudantes, aos quais se junta Aetelia, um ser virtual de Lyoko, devem levar vidas duplas: estudantes comuns de internatos na Terra e heróis de ação dentro do mundo digital de Lyoko.